Набор реагентов «КовидЭк» для выделения и выявления РНК вируса SARS-CoV-2 методом ОТ-ПЦР в режим. реал. времени, «РНК-экстракт», компл. №1, Россия

Набор реагентов «КовидЭк Экстракт» предназначен для качественного выявления (определения) РНК вируса SARS-CoV-2 методом ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в режиме реального времени в пробах клинического материала, полученных при взятии мазка из носа, носоглотки и/или ротоглотки, а также в препаратах нуклеиновых кислот (анализируемых образцов), выделенных из проб клинического материала, полученных при взятии мазка из носа, носоглотки и/или ротоглотки человека.

Назначение набора реагентов «КовидЭк Экстракт»

Ранняя диагностика коронавируса SARS-CoV-2 для предотвращения дальнейшей передачи инфекции. Набор позволяет проводить очистку коронавирусной РНК как в ручном режиме, так и в автоматическом режиме с использованием любых открытых роботизированных станций (производства Beckman Coulter Inc., Eppendorf International, Thermo Fisher Scientific, Hamilton, Tecan, Aurora Biomed Inc., BioTeke Corporation (Wuxi) Сo., Hangzhou Allsheng Insrtuments Co., Ltd (Auto-Pure 96), Yantai Addcare BioTech Co., Ltd. (Nexor 96) и др. Набор адаптирован для работы на зарегистрированных в Российской Федерации амплификаторах планшетного и роторного типов: «CFX96» («Bio-Rad Laboratories Inc.»); «ДТ 96», «ДТ Лайт» (ООО «НПО ДНК-Технология»); Applied Biosystems QuantStudio 5 («Life Technologies Holdings Pte. Ltd»); Rotor-Gene Q («Qiagen»).

Область применения набора реагентов «КовидЭк Экстракт»:

• ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в режиме реального времени;
• использование клинических образцов (мазки из носа, носоглотки и/или ротоглотки), помещенных в транспортную
• среду (стерильный физиологический раствор хлорида натрия или подобные), которые вносятся сразу в амплификационную смесь;
• препараты нуклеиновых кислот (анализируемые образцы),
• выделенные из проб клинического6 материала.

Состав набора на 100 образцов, включая контрольные образцы:

Набор реагентов «КовидЭк Экстракт» состоит из реагентов для выделения вирусной РНК и амплификационной части:

Таблица 1. Реагенты для выделения РНК.

Компонент	Объем
1. Высаливающий раствор	1 флакон — 30 мл
2. Осаждающий раствор	1 флакон — 110 мл
3. Промывочный раствор	1 флакон — 100 мл
4. Элюирующий раствор	1 флакон — 15 мл

Таблица 2. Реагенты для ОТ-ПЦР-амплификации

Компонент	Объем
1. ОТ-ПЦР-реагент	1 флакон — 0,5 мл
2. Праймеры COVID-19	1 флакон — 1 мл
3. ПКО	1 флакон — 0,2 мл
4. ОКО	1 флакон — 1 мл

Внутренний контрольный образец (ВКО) в данном наборе является эндогенным и представляет собой ген РНКазы P человека. Детекция ВКО в ходе реакции амплификации свидетельствует о наличии в исследуемом образце клинического материала (эпителиальных клеток из верхних дыхательных путей).

Принцип действия

Метод исследования состоит из нескольких этапов:

• выделение РНК SARS-CoV-2 основано на осаждении нуклеиновых кислот спиртовым раствором с последующей промывкой осадка для удаления нежелательных примесей и растворением в буфере с низкой ионной силой (метод преципитации);
• реакции обратной транскрипции РНК;
• ПЦР-амплификации кДНК с одновременной детекцией результата в режиме «реального времени» с помощью ревертазы.

Участки полученной кДНК амплифицируют при помощи специфичных к данным участкам праймеров и фермента Taq-полимеразы. В состав реакционной смеси включены флуоресцентно-меченные олигонуклеотиды (ДНК-зонды). Данные ДНК-зонды, содержащие флуоресцентную метку и
гаситель флуоресценции, гибридизуются с комплементарным участком амплифицируемой к ДНК-мишени. При образовании специфичного продукта ДНК-зонд разрушается,
воздействие гасителя на флуоресцентную метку прекращается. В результате происходит нарастание
интенсивности флуоресценции. Количество разрушенных зондов увеличивается пропорционально количеству образовавшихся специфических ампликонов. Нарастающий уровень флуоресценции измеряется на каждом цикле амплификации. Это позволяет регистрировать накопление
специфического продукта амплификации. Детекция флуоресцентного сигнала осуществляется непосредственно в ходе ПЦР с помощью амплификатора с системой детекции флуоресцентного сигнала в режиме «реального времени».

Аналитические и диагностические характеристики набора.

• Аналитическая чувствительность (предел обнаружения РНК коронавируса человека SARS-CoV-2) составляет 103 геном-эквивалентов в 1 мл анализируемого образца;
• диагностическая чувствительность выявления РНК коронавируса человека SARS-CoV- 2, проверенная на 100 положительных образцах, составляет 100%;
• диагностическая специфичность выявления РНК коронавируса человека SARS-CoV-2, проверенная на 100 отрицательных образцах, составляет 100%;
• аналитическая специфичность набора реагентов была определена посредством исследования образцов нуклеиновых кислот возбудителей респираторных инфекций: вирусы гриппа А и В, парагрипп, аденовирусная инфекция, респираторно- синцитиальная инфекция, метапневмовирусная инфекция, риновирусная инфекция и коронавирусная инфекция человека (MERS-CoV, HKU1, 229E,OC43, NL63, SARS- CoV), Streptococcus pneumoniae, Haemophilusinfluenza type B, Legionella pneumophila, Chlamydia pneumoniae, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma pneumoniae. Перекрестных реакций не выявлено.
  

Преимущества использования набора:

Набор реагентов позволяет работать с сухими мазками с помощью смывов клинического образца с зонда-тампона физиологическим раствором в микроцентрифужную пробирку.

Шаг	Температура, °С	Время	Количество циклов
Обратная транскрипция	55	10 мин	1
Начальная денатурация	95	15 мин	1
Денатурация	95	5 сек	5
Отжиг	60	15 сек
Элонгация	67	15 сек
Денатурация	95	5 сек	40
Отжиг/Детекция по каналам: FAM/Green, HEX/Yellow	60	15 сек
Элонгация	67	15 сек

Срок годности.

Срок годности набора реагентов «КовидЭк Магнит» — 12 месяцев с даты изготовления. Набор с истекшим сроком годности применению не подлежит.

Хранение и транспортирование.

Хранение реагентов для амплификации должно осуществляться при температуре от –24 °С до –16 °С в течение всего срока годности. Допускается заморозка/оттаивание компонентов набора реагентов до 10 раз.

Хранение реагентов для выделения РНК должно осуществляться при температуре от 2 до 8 °С в течение всего срока годности.

Транспортирование: при температуре от 2 до 8 °С транспортом всех видов в крытых транспортных средствах в соответствии с
правилами перевозок. Допускается транспортирование при температуре окружающей среды, но не выше 37 °С в течение 5 суток.