Набор реагентов «КовидЭк Магнит» предназначен для качественного выявления (определения) РНК вируса SARS-CoV-2 методом ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в режиме реального времени в пробах клинического материала, полученных при взятии мазка из носа, носоглотки и/или ротоглотки, а также в препаратах нуклеиновых кислот (анализируемых образцов), выделенных из проб клинического материала, полученных при взятии мазка из носа, носоглотки и/или ротоглотки человека.

Назначение набора реагентов «КовидЭк Магнит» — ранняя диагностика коронавируса SARS-CoV-2 для предотвращения дальнейшей передачи инфекции.

Набор позволяет проводить очистку коронавирусной РНК как в ручном режиме (на магнитном штативе или с применением центрифуги), так и в автоматическом режиме с использованием любых открытых роботизированных станций (производства Beckman Coulter Inc., Eppendorf International, Thermo Fisher Scientific, Hamilton, Tecan, Aurora Biomed Inc., BioTeke Corporation (Wuxi) Сo., Hangzhou Allsheng Insrtuments Co., Ltd (Auto-Pure 96), Yantai Addcare BioTech Co., Ltd. (Nexor 96) и др.

Набор адаптирован для работы на зарегистрированных в Российской Федерации амплификаторах планшетного и роторного типов: «CFX96» («Bio-Rad Laboratories Inc.»); «ДТ 96», «ДТ Лайт» (ООО «НПО ДНК-Технология»); Applied Biosystems QuantStudio 5 («Life Technologies Holdings Pte. Ltd»); Rotor-Gene Q («Qiagen»).

Область применения набора реагентов «КовидЭк Магнит»:

ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в режиме реального времени;
использование клинических образцов (мазки из носа, носоглотки и/или ротоглотки), помещенных в транспортную среду (стерильный физиологический раствор хлорида натрия или подобные), которые вносятся сразу в амплификационную смесь;
препараты нуклеиновых кислот (анализируемые образцы), выделенные из проб клинического материала.

Состав набора на 100 образцов, включая контрольные образцы:

Набор реагентов «КовидЭк Магнит» состоит из реагентов для выделения вирусной РНК и амплификационной части:

Таблица 1. Реагенты для выделения РНК

Компонент	Объем
1. Магнитный сорбент	1 пробирка — 1,5 мл
2. Сорбирующий раствор	1 флакон — 30 мл
3. Промывочный раствор	1 флакон — 30 мл
4. Элюирующий раствор	1 флакон — 15 мл

Таблица 2. Реагенты для ОТ-ПЦР-амплификации

Компонент	Объем
1. ОТ-ПЦР-реагент	1 пробирка — 0,5 мл
2. Праймеры COVID-19	1 пробирка — 1 мл
3. ПКО	1 пробирка — 0,2 мл
4. ОКО	1 пробирка — 1,0 мл

Внутренний контрольный образец (ВКО) в данном наборе является эндогенным и представляет собой ген РНКазы P человека. Детекция ВКО в ходе реакции амплификации свидетельствует о наличии в исследуемом образце клинического материала (эпителиальных клеток из верхних дыхательных путей).

Принцип действия

Метод исследования состоит из нескольких этапов:

выделение РНК SARS-CoV-2 основано на связывании нуклеиновых кислот с магнитным сорбентом в присутствии хаотропных солей и их последующей элюцией в низкосолевой буфер;
реакции обратной транскрипции РНК;
ПЦР-амплификации кДНК с одновременной детекцией результата в режиме «реального времени» с помощью ревертазы. Участки полученной кДНК амплифицируют при помощи специфичных к данным участкам праймеров и фермента Taq-полимеразы. В состав реакционной смеси включены флуоресцентно-меченные олигонуклеотиды (ДНК-зонды). Данные ДНК-зонды, содержащие флуоресцентную метку и гаситель флуоресценции, гибридизуются с комплементарным участком амплифицируемой к ДНК-мишени. При образовании специфичного продукта ДНК-зонд разрушается, воздействие гасителя на флуоресцентную метку прекращается. В результате происходит нарастание интенсивности флуоресценции. Количество разрушенных зондов увеличивается пропорционально количеству образовавшихся специфических ампликонов. Нарастающий уровень флуоресценции измеряется на каждом цикле амплификации. Это позволяет регистрировать накопление специфического продукта амплификации. Детекция флуоресцентного сигнала осуществляется непосредственно в ходе ПЦР с помощью амплификатора с системой детекции флуоресцентного сигнала в режиме «реального времени».

Аналитические и диагностические характеристики набора:

аналитическая чувствительность (предел обнаружения РНК коронавируса человека SARS-CoV-2) составляет 5×10² геном-эквивалентов в 1 мл анализируемого образца;
диагностическая чувствительность выявления РНК коронавируса человека SARS-CoV- 2, проверенная на 100 положительных образцах, составляет 100%;
диагностическая специфичность выявления РНК коронавируса человека SARS-CoV-2, проверенная на 100 отрицательных образцах, составляет 100%;
аналитическая специфичность набора реагентов была определена посредством исследования образцов нуклеиновых кислот возбудителей респираторных инфекций: вирусы гриппа А и В, парагрипп, аденовирусная инфекция, респираторно-синцитиальная инфекция, метапневмовирусная инфекция, риновирусная инфекция и коронавирусная инфекция человека (MERS-CoV, HKU1, 229E, OC43, NL63, SARS-CoV), Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenza type B, Legionella pneumophila, Chlamydia pneumoniae, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma pneumoniae. Перекрестных реакций не выявлено.

Выделение РНК возможно:

на магнитном штативе (не обязателен, если используется протокол с центрифугированием или автоматизированной станцией);
на центрифуге;
на автоматизированной станции пробоподготовки (при ее использовании).

Таблица 3. Параметры амплификации

Шаг	Температура, °С	Время	Кол-во циклов
Обратная транскрипция	55	10 мин	1
Начальная денатурация	95	15 мин	1
Денатурация	95	5 сек	5
Отжиг	60	15 сек	5
Элонгация	67	15 сек	5
Денатурация	95	5 сек	40
Отжиг/Детекция по каналам: FAM/Green, HEX/Yellow	60	15 сек	40
Элонгация	67	15 сек	40

Срок годности.

Срок годности набора реагентов «КовидЭк Магнит» — 12 месяцев с даты изготовления. Набор с истекшим сроком годности применению не подлежит.

Хранение и транспортирование.

Хранение реагентов для амплификации должно осуществляться при температуре от –24 °С до –16 °С в течение всего срока годности. Допускается заморозка/оттаивание компонентов набора реагентов до 10 раз.

Хранение реагентов для выделения РНК должно осуществляться при температуре от 2 до 8 °С в течение всего срока годности.

Транспортирование: при температуре от 2 до 8 °С транспортом всех видов в крытых транспортных средствах в соответствии с правилами перевозок. Допускается транспортирование при температуре окружающей среды, но не выше 37 °С в течение 5 суток.