Для разделения фрагментов НК менее 1200 п.н., для электрофореза НК и ПЦР-продукта, блоттинга. По четкости разделения фрагментов аналогичен ПААГ; гель с повышенной прозрачностью, ломкость минимизирована.
См. также: Таблица выбора агарозы в зависимости от размеров целевых фрагментов.