Пт с 8:00 до 16:00
Пт с 8:00 до 16:00
Набор для мультиплексного секвенирования ДНК с баркодированием образцов методом ПЦР, PCR Barcoding Kit, Oxford Nanopore Technologies
![Набор для мультиплексного секвенирования ДНК с баркодированием образцов методом ПЦР, PCR Barcoding Kit, Oxford Nanopore Technologies](/wa-data/public/shop/products/06/75/67506/images/90362/90362.970.jpg)
![](/wa-data/public/shop/brands/53623/53623.jpg)
Цены на нашем сайте актуальны при заказе от 20 000 рублей.
- Мультиплексное секвенирование с баркодированием удобно, если количество сиквенсных данных, получаемое с одного образца, существенно меньше производительности проточной ячейки. В таком случае имеет смысл объединять образцы в одну библиотеку и секвенировать их одновременно. Это также снижает стоимость секвенирования каждого образца.
Набор PCR Barcoding Kit удобен в тех случаях, когда:- возможно объединение до 12 образцов в общую библиотеку с целью снижения стоимости запуска секвенатора;
- исходное количество ДНК невелико;
- предполагается оптимизировать эксперимент с целью макисмального выхода;
- требуется контроль длины рида;
- секвенируется кДНК или специфические ампликоны.
Особенности набора:
время пробоподготовкиот 60 минут (без учёта стадии ПЦР)
требуемое количество ДНКменее 100 нг двухцепочечной ДНК
необходимость ПЦРда
фрагментация ДНКопциональная
длина ридаравна длине ампликонов
производительность2 гигабазы и более за 6 часов, 8 гигабаз и более за 48 часов
совместимые протоколыPCR Barcoding
Nested PCR Sequencing
cDNA PCR Barcoding *
количество библиотек6 библиотек до 12 образцов в каждой * Полные протоколы доступны на сайтеwww.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.
Набор PCR Barcoding Kit также может быть использован в сочетании с набором PCR cDNA Sequencing Kit (SQK-PCS109) для мультиплексного секвенирования кДНК.Пробоподготовка заключается в опциональной фрагментации геномной ДНК с последующей достройкой концов, лигировании адаптеров к достроенным концам и ПЦР с праймерами, содержащими бар-коды. В состав набора входит 12 пар бар-кодированных праймеров. В конечном итоге образцы после ПЦР объединяются, и к смеси добавляются сиквенсные адаптеры.
Длины фрагментов, получаемых в ходе ПЦР, зависят от длины исходной матрицы и от процессивности ДНК-полимеразы. Максимальная длина рида составляет в среднем около 2 тыс п.н.
Пользователь также может использовать метод ПЦР с 2 парами праймеров (nested PCR); при этом одна пара праймеров - пользовательские праймеры к определённой последовательности ДНК, а вторая - бар-кодированные праймеры из набора. 5’-концы пользовательских праймеров должны быть комплементарны 3’-концам бар-кодированных праймеров.
Последовательности бар-кодов автоматически распознаются программой для интерпретации данных секвенирования, и риды группируются в соответствии с бар-кодами.
Ещё одно преимущество набора — если исходная ДНК загрязнена, то в ходе ПЦР существенно снижается концентрация примесей, которые могут ингибировать процесс получения библиотеки.
Если количество исходной ДНК менее 1 нг — рекомендуется предварительная полногеномная амплификация.
Дополнительные расходные материалы и реактивы:- магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
- набор для достройки концов ДНК NEBNext End repair / dA-tailing Module (New England Biolabs E7546);
- набор для лигирования ДНК NEB Blunt/TA Ligase Master Mix (New England Biolabs M0367);
- мастер-микс для ПЦР длинных фрагментов, например, LongAmp Taq 2X Master Mix (New England Biolabs M0287);
- 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 30108051);
- 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C);
- вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581);
- свежеприготовленный 70% этанол;
- буфер 10 мМ Трис-HCl с 50 мМ NaCl.
Опционально:- пробирки для фрагментации ДНК Covaris g-TUBE.
Дополнительное оборудование:- настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf #5452000018);
- вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
- магнитный штатив (Диаэм 3336);
- ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
- амплификатор (например, Thermo FS A37834);
- набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
- наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
- термоконтейнер со льдом;
- таймер (например, TR118OS).
- флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227);
- система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
- наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).
Производитель Oxford Nanopore Technologies