Набор для секвенирования гена 16S-РНК, 16S Barcoding Kit, Oxford Nanopore Technologies

Набор предназначен для секвенирования бактериальных генов, кодирующих рибосомальную РНК 16S, являющуюся видоспецифичной. С помощью набора 16S Barcoding Kit можно:

• идентифицировать видовую принадлежность бактерий;
• объединять несколько образцов в одну библиотеку

Объединение нескольких образцов, или мультиплексирование, возможно благодаря баркодированию разных ДНК. Это удобно в тех случаях, когда требуемый выход данных при секвенировании одного образца намного меньше максимального выхода, получаемого с одной проточной ячейки. В состав набора входит 12 бар-кодов, таким образом, в одну библиотеку можно загрузить до 12 образцов ДНК. Это позволяет снизить стоимость секвенирования одного образца почти в 10 раз.

Особенности набора:

время пробоподготовки	10 минут + время, необходимое для ПЦР
требуемое количество ДНК	не более 10 нг геномной ДНК
необходимость ПЦР	да
фрагментация ДНК	не требуется
длина рида	около 1500 нуклеотидов (полноразмерный ген 16S)
производительность	1-2 гигабазы за 6 часов, 4-8 гигабаз за 48 часов
совместимые протоколы	16S Barcoding*
количество библиотек	6
совместимость с проточными ячейками	R9.4.1; R10

* Полные протоколы доступны на сайтеwww.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Пробоподготовка заключается в амплификации гена 16S со специфических праймеров (27F и 1492R), содержащих бар-коды. Затем к 5’-концам ампликонов лигируются сиквенсные адаптеры.

Анализ результатов секвенирования библиотеки, полученной с помощью 16S Barcoding Kit, проводится на платформе EPI2ME с помощью специального ПО, сортирующего риды в соответствии с баркодированием и идентифицирующего их видовую принадлежность.

В состав 16S Barcoding Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Условия хранения: - 20 °С.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS AB0620);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581);
• мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2X (New England Biolabs M0287);
• свежеприготовленный 70% этанол;
• буферный раствор Tрис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор;
• набор автоматических пипеток переменного объёма - от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный;
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).