Набор для быстрого секвенирования геномной ДНК, Rapid Sequencing Kit, Oxford Nanopore Technologies

Набор предназначен для быстрого получения библиотеки из геномной ДНК с помощью простого 2-шагового протокола, пробоподготовка занимает не более 10 минут. Процесс основан на транспозазном расщеплении ДНК с последующей пришивкой сиквенсных адаптеров.

Особенности набора:

время пробоподготовки	10 минут
требуемое количество ДНК	400 нг высокомолекулярной ДНК
необходимость ПЦР	нет
фрагментация ДНК	транспозазная
длина рида	случайная, зависит от длины исходных фрагментов
производительность	1-2 гигабаз за 6 часов, 4-8 гигабаз за 48 часов
совместимые протоколы	Rapid Sequencing; Rapid whole genome amplification
количество библиотек	6
совместимость с проточными ячейками	FLO-MIN106D; FLO-MIN107

Набор предназначен для исследований, требующих простой пробоподготовки и быстрого результата, но не максимальной производительности секвенирования. Так как количество стадий пипетирования и время подготовки минимальны, набор даёт возможность получения длинных ридов, но макcимальная длина зависит от качества исходной ДНК. Поэтому для лучшего результата рекомендуется использовать ДНК со средней длиной фрагментов не менее 30 гигабаз. Для выделения высокомолекулярной геномной ДНК можно использовать набор Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (Qiagen).

Рекомендуемое исходное количество ДНК — не менее 400 нг. Возможно получение библиотеки из меньшего количества ДНК, а также из фрагментированной ДНК, но производительность будет ниже. Для получения библиотеки из меньших количеств ДНК рекомендуется набор PCR Sequencing Kit и протоколы Low Input и Rapid Low Input.

Так как при получении библиотеки отсутствует стадия ПЦР, данный набор пригоден для выявления модифицированных нуклеотидов.

Дополнительные расходные материалы:

• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (30108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР PCR-02-C);
• вода, не содержащая нуклеаз (R0581).

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834);
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227) или аналогичный.