Набор для прямого секвенирования РНК, Direct RNA Sequencing Kit, Oxford Nanopore Technologies

Набор предназначен для прямого секвенирования РНК без стадии обратной транскрипции. С помощью набора Direct RNA Sequencing Kit можно:

• изучать модифицированные нуклеотиды и другие характеристики нативной РНК;
• секвенировать молекулы РНК, которые плохо подвергаются обратной транскрипции.

Особенности набора

время пробоподготовки	от 115 минут
требуемое количество ДНК	500 нг поли-А+ РНК
необходимость ПЦР	нет
обратная транскрипция	опциональная
длина рида	зависит от длины исходных фрагментов
производительность	до 1 гигабазы за 6 часов, 1-4 гигабазы за 48 часов
совместимые протоколы	Direct RNA Sequencing; Sequence-specific direct RNA sequencing*
мультиплексирование	на стадии разработки
количество библиотек	6
совместимость с проточными ячейками	FLO-MIN106D; FLO-MIN107

* Полные протоколы доступны на сайтеwww.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для работы с молекулами РНК, обладающими 3’-концевыми полиА –структурами — эукариотическими мРНК, полиаденилированными вирусными РНК или РНК, обработанными наборами для полиаденилирования. Для РНК без полиА-концов можно синтезировать пользовательские адаптеры, комплементарные 3’-концам (например, для тРНК или 16S-РНК).

В отличие от протоколов секвенирования кДНК, в случае использования набора Direct RNA Sequencing Kit происходит секвенирование нативных молекул РНК; только они проходят через поры проточной ячейки.

Стадия обратной транскрипции при пробоподготовке опциональна, но настоятельно рекомендуется — это повышает производительность секвенирования.

Набор Direct RNA Sequencing Kit незаменим в случае анализа модифицированных нуклеотидов. Если задача выявления таких нуклеотидов не ставится, рекомендуются наборы для секвенирования кДНК, так как они обеспечивают более высокую производительность.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• магнитные частицы Agencourt RNAClean XP (Beckman Coulter);
• обратная транскриптаза SuperScript III (Thermo Fisher Scientific, 18080044);
• ДНК-лигаза T4 в концентрации 2000 ед/мкл (New England Biolabs М0202);
• лигазный буфер NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (New England Biolabs B6058);
• 10 мМ раствор dNTP (Thermo Fisher Scientific R0192);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581);
• свежеприготовленный 70% этанол.